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Dentre os padrões fisico-químicos da água que podem melhor indicar o estado trófico de um corpo d´água estão
O conceito de potencial hidrogeniônico (pH) foi introduzido como uma alternativa ao manuseio de números muito pequenos das concentrações de prótons em soluções aquosas. O pH é definido como
Para que ocorra um adequado gerenciamento de toda a bacia hidrográfica são necessários, além dos estudos sobre erosões, assoreamento e desmatamento, análises físico-químicas e biológicas que apontem possíveis contaminações das águas.
 
Os parâmetros físico-químicos mais utilizados são:
Os agrotóxicos são substâncias, que podem comprometer a qualidade da água potável numa determinada localidade. O uso desses defensivos agrícolas pode variar de acordo com a região e a necessidade do combate da praga. Para alguns cientistas, deveria ser estabelecido o tipo de agrotóxico usado. Para a qualidade da água tratada e usada numa comunidade, deve-se considerar principalmente,
É importante a avaliação do grau de toxicidade de lixiviados dos aterros sanitários em sistemas de lagoas de estabilização com testes de toxicidade aguda, assim como em bioensaios toxicológicos, nomeadamente nos testes requeridos pela legislação nacional e europeia para a avaliação de ecotoxicológica de novos agentes químicos, de efluentes urbanos e industriais e de ecossistemas dulcícolas. Em laboratório, é realizada a investigação da presença de microorganismos que habitam comumente as águas doces. Estes apresentam cerca de 1,5 nm de comprimento; alimentam-se de microalgas e são alimentos de peixes. Naturalmente se reproduzem por partenogênese cíclica, o que fornece tanto clones de longo termo como populações com reprodução sexuada. O ciclo de vida pode variar entre 40 dias a 25 ºC e 56 dias a 20ºC. Mantida em laboratório, essa espécie tem, normalmente, juvenis de 2 em 2 dias, precisando de 6 a 10 dias para dar origem à primeira ninhada. Seus ovos são libertados quando mudam a sua carapaça. Estamos nos referindo à presença de